Το Star Trek έχει χτίσει επί 60 χρόνια ένα ολόκληρο δίκτυο μυστικών υπηρεσιών για σχεδόν κάθε μεγάλη δύναμη του σύμπαντός του. Από τη Section 31 έως την Tal Shiar, οι οργανώσεις αυτές κινούνται ανάμεσα στην κατασκοπεία, την αντικατασκοπεία και τις βρόμικες επιχειρήσεις.
Το Star Trek, παρά την ουτοπική εικόνα που συχνά προβάλλει για το μέλλον, έχει στηριχθεί σταθερά στην κατασκοπεία ως βασικό αφηγηματικό εργαλείο. Σχεδόν κάθε μεγάλη διαστημική δύναμη του franchise διαθέτει τουλάχιστον μία μυστική υπηρεσία, ενώ αρκετές έχουν και δεύτερη, ακόμη πιο σκοτεινή δομή για αποστολές που δεν μπορούν να αναγνωριστούν επίσημα. Από την παραδοσιακή αντικατασκοπεία μέχρι τις μαύρες επιχειρήσεις, οι οργανώσεις αυτές εμφανίζονται σε όλη τη διαδρομή του Star Trek.
Η Ομοσπονδία διαθέτει τη γνωστότερη διπλή δομή. Η Starfleet Intelligence λειτουργεί ως η βασική υπηρεσία πληροφοριών και έχει ρίζες ακόμη από την εποχή της United Earth, πριν από την ίδρυση της ίδιας της Ομοσπονδίας. Δίπλα της υπάρχει η Section 31, μια ανεξάρτητη μυστική μονάδα που παίρνει το όνομά της από άρθρο του ιδρυτικού καταστατικού του Starfleet και αναλαμβάνει επιχειρήσεις που κινούνται εκτός κανόνων και, συχνά, εκτός νομιμότητας. Το Deep Space Nine παρουσίασε επίσης το Internal Affairs, μια υποδιεύθυνση της Starfleet Intelligence με αποστολή την εσωτερική επιτήρηση και τον έλεγχο της τήρησης του νόμου, αν και στην οθόνη συνδέθηκε κυρίως με τον πράκτορα Luther Sloan της Section 31. Στο ίδιο πλαίσιο εντάσσονται και οι πλανητικές υπηρεσίες πληροφοριών των μελών της Ομοσπονδίας, όπως η V’Shar των Βουλκανίων, με το Enterprise να αναφέρει και μια Vulcan Intelligence χωρίς να ξεκαθαρίζει αν πρόκειται για την ίδια υπηρεσία.
Η Αυτοκρατορία των Κλίνγκον φαίνεται να βασίζεται σε μία μόνο υπηρεσία, την Klingon Intelligence, γνωστή και ως Imperial Intelligence σε βοηθητικό υλικό. Το κύρος της είναι περιορισμένο μέσα σε μια κοινωνία που δομείται γύρω από την τιμή, και οι πράκτορες που αποκαλύπτονται συχνά αντιμετωπίζουν εξορία ή επίσημη ατίμωση από τις Μεγάλες Οικογένειες. Η σειρά έχει δείξει ότι η υπηρεσία χρησιμοποιεί και χειρουργικά αλλοιωμένους πράκτορες για διείσδυση σε άλλες κοινωνίες, με χαρακτηριστικό παράδειγμα τον Arne Darvin, ο οποίος εμφανίστηκε ως άνθρωπος με τη μορφή Barry Waddle στο Deep Space Nine. Οι εμφανίσεις της Klingon Intelligence στην οθόνη είναι λίγες, με αναφορές κυρίως σε επιχειρήσεις αναγνώρισης κατά τη διάρκεια του Dominion War.
Στην κορυφή των πιο διάσημων μυστικών υπηρεσιών του Star Trek βρίσκεται η Tal Shiar της Ρομυλάνικης Αυτοκρατορίας. Για τους εξωτερικούς παρατηρητές λειτουργεί και ως μυστική αστυνομία και ως κεντρικός βραχίονας πληροφοριών του κράτους, με αποστολή τόσο την καταστολή της εσωτερικής ασυνέπειας όσο και την αντικατασκοπεία απέναντι σε άλλες δυνάμεις. Στα μέσα της δεκαετίας του 2370 υπέστη σοβαρό πλήγμα σε κοινή επιχείρηση με Κάρντασιανους πράκτορες εναντίον του κόσμου των Founders, αλλά επέζησε και συνέχισε να έχει ισχυρό ρόλο στη ρομυλάνικη κοινωνία. Το Picard αποκάλυψε ότι η Tal Shiar επιβίωσε ακόμη και μετά την καταστροφή του Romulus, ενώ παρουσίασε και τη Zhat Vash, μια ακόμη πιο παλιά και μυστική οργάνωση με αντισυνθετική ατζέντα. Στο Cardassian Union, αντίστοιχο ρόλο είχε η Obsidian Order, μια ανεξάρτητη και ιδιαίτερα σκληρή υπηρεσία που δρούσε με κυψέλες οι οποίες δεν γνώριζαν η μία την άλλη, επιτηρώντας παράλληλα και τον ίδιο τον cardassianικό πληθυσμό. Η συμμαχία της με την Tal Shiar κατέρρευσε στη μάχη του Omarion Nebula, όπου αποκαλύφθηκε ότι και οι δύο είχαν διεισδυθεί από το Dominion, οδηγώντας στην ουσιαστική εξαφάνιση της Obsidian Order και στην αντικατάστασή της από το Cardassian Intelligence Bureau. Στην περίοδο του Dominion War, ο ρόλος των υπηρεσιών πληροφοριών διευρύνθηκε ακόμη περισσότερο, με την εμφάνιση της Dominion Intelligence και την πιο αναλυτική παρουσία της Bajoran Intelligence, που υπήρχε ήδη από την εποχή της Cardassian κατοχής και είχε αποκτήσει εμπειρία στη διάσπαση cardassianικών κωδίκων.
