Ο αυτοκρατορικός πιγκουίνος πέρασε στην κατηγορία των απειλούμενων ειδών, σύμφωνα με την IUCN. Η κλιματική αλλαγή και η απώλεια θαλάσσιου πάγου πιέζουν έντονα τον πληθυσμό του στην Ανταρκτική.
Ο αυτοκρατορικός πιγκουίνος χαρακτηρίστηκε πλέον απειλούμενο είδος από τη Διεθνή Ένωση για τη Διατήρηση της Φύσης (IUCN), καθώς η κλιματική αλλαγή τον σπρώχνει πιο κοντά στην εξαφάνιση. Η αλλαγή από την κατηγορία «σχεδόν απειλούμενο» δείχνει την επιδείνωση της κατάστασης για ένα από τα πιο αναγνωρίσιμα είδη της Ανταρκτικής.
Το είδος εξαρτάται από τον θαλάσσιο πάγο για να ζει, να κυνηγά και να αναπαράγεται. Όταν ο πάγος διαλύεται νωρίτερα από το συνηθισμένο ή χάνεται εντελώς, οι συνθήκες επιβίωσης δυσκολεύουν και οι πληθυσμοί μειώνονται, σύμφωνα με τις επιστημονικές παρατηρήσεις που επικαλείται η IUCN.
Η IUCN εκτιμά ότι οι αλλαγές στον θαλάσσιο πάγο, εξαιτίας της υπερθέρμανσης του πλανήτη, μπορεί να οδηγήσουν σε μείωση του πληθυσμού των αυτοκρατορικών πιγκουίνων κατά 50% έως τη δεκαετία του 2080. Ο Philip Trathan, μέλος της ομάδας ειδικών της IUCN για την Κόκκινη Λίστα, δήλωσε ότι οι ειδικοί κατέληξαν στο συμπέρασμα πως η ανθρωπογενής κλιματική αλλαγή αποτελεί τη σημαντικότερη απειλή για το είδος.
Η ίδια αξιολόγηση έβαλε στην ίδια κατηγορία και την ανταρκτική φώκια γούνας, της οποίας ο πληθυσμός έχει μειωθεί πάνω από 50% από το 1999. Η IUCN συνδέει τη συνεχή πτώση με την άνοδο της θερμοκρασίας των ωκεανών και τη συρρίκνωση του θαλάσσιου πάγου, που ωθούν το κριλ σε μεγαλύτερα βάθη και περιορίζουν την τροφή για τις φώκιες.
